防治病虫害是香菇栽培技术中的一项十分重要的内容，应坚持“预防为主，防治结合”的方针。香菇的病虫害包括杂菌害、虫害、病害三大类。一旦发生病虫害，要认真分析，准确查找病因，及时采取措施防治，防止扩大传播，把损失降到最低程度。今天就来说说：
1.常见杂菌的防治
1.1绿色木霉（俗称绿霉）
绿霉是香菇生产中一种常见的、为害极大的竞争性杂菌。绿霉菌丝生长浓密，初期菌丝是白色斑块，逐渐产生鲜绿色孢子，菌落中央为深绿色，边缘呈白色，后期变为白绿色、深绿色，会使培养基全部变为墨绿色，绿霉适于在20℃～32℃温度和偏酸性的环境中生长。受其污染后，培养基的营养物质遭到破坏，严重的会使培养基全部变成墨绿色发臭松软，以致腐烂。
1.1.1绿霉的感染途径不纯的菌种和菌种菌龄较长已老化或未经严格消毒的菌种带入；接种时所使用的工具消毒不严格（如钳子、镊子、棉花等）；种袋有破损、砂眼时易感染。绿霉菌在香菇栽培的整个过程中都极易感染，忽视每个环节都会造成重大损失。一般种户比较注意前期管理，最容易忽视造成失败的一个感染期是拔掉菌种枝条后，料袋内温度急剧上升（可达到30℃以上），又没有及时疏袋散热，造成烧袋，致使绿霉感染，难以救治，使整个香菇生产前功尽弃。
1.1.2防治方法料袋一定蒸熟、蒸透且杜绝生料；接种时严守无菌操作规程；双袋接种法，接种时随即在外边再套一个大于原料袋2cm的袋，是防止绿霉及其他杂菌感染的一种有效办法；若在菌袋内发现绿霉菌，可用菇霉敌或2%甲醛和石碳酸混合液或用克霉灵、菇霉灵注射受害部位；根据香菇菌丝和绿霉菌所需温度不同的特点，利用温差进行控制，把感染的菌袋处理后搬出培养室，置于20℃以下阴凉通风的环境中，可抑制绿霉的扩散，且香菇菌丝仍能正常生长；根据近年来的实践证明，“厌氧发菌”防治绿霉菌有一定的效果，方法是把感染严重的菌袋，单层平放，上面覆盖潮湿细土3～5cm厚，待过一段时间，到香菇菌丝布满菌袋，然后取出，在此期间必须遮阴，防雨淋，常检查，防高温。
1.2链孢霉（俗称红色面包霉）
1.2.1发病规律链孢霉为害性极大，仅次于绿霉。其菌落初为白色，粉粒状，后为毛状，菌丝半透明，有分支，分隔向四周蔓延。气生菌丝不规则地向料中生长。分生孢子初为淡蓝色，后逐渐转变为橘红色。链孢霉适于高温、高湿季节繁殖，2～3天完成一代。粉红色分生孢子为粉末状、数量大、个体小、随气流漂浮在空气中四处扩散，也可随人体、衣物、工具进入培养室，传播力极强。
1.2.2防治方法链孢霉多经原料带入，因此木屑、麦麸、米糠等原料要新鲜、无霉变、无结块、无虫蛀。培养室要干燥、通风良好、防高温、防鼠患。一旦发现链霉菌，可用菇霉敌或甲醛注射受害部位。若分生孢子已经长到菌袋外面，可用煤油或柴油滴注涂擦，迫使萎缩致死。污染严重的菌袋可搬出室外，用土掩埋。在香菇菌丝持续萌发的条件下，链孢霉的竞争力并不及香菇，且在气温下降20℃以下时，链孢霉便逐渐消退，香菇菌丝仍可布满菌袋。受害的菌袋仍能正常出菇，但产量较低。
1.3毛霉（俗称长毛菌）
菌丝生长茂盛、细长，气生菌丝如棉花状，孢子呈球形或椭圆形。长毛菌发生在培养料内，破坏其养分，影响香菇菌丝的正常生长。一旦在菌袋内发现，可用75%的酒精或菇霉敌二号注射患处，数天后即可逐渐消除。
1.4曲霉
常见的有黄曲霉、黑曲霉和米曲霉等种类。曲霉菌丝粗糙，初期为白色，以后逐渐出现黑、黄、红、褐等颜色，黄曲霉适宜在25℃以上，湿度偏大，空气不流通的环境中发生。黄曲霉多侵染培养料表面，与香菇菌丝争夺养分、水分，并分泌有机酸和霉素，后期散发出一股刺鼻的臭味，致使香菇菌丝死亡。一旦发生污染，室内应加强通风，降低相对湿度，并在受害处用1%克霉灵或菇霉灵注射，数日后即可消失。