君子兰是簇状肉质根，含水量多，质脆嫩，易折伤，同时好气，如肥、水、土壤管理不善，容易引起烂根，影响生长与开花。如出现烂根现象，新叶生长缓慢或停止生长，叶黄瘦弱，老叶逐渐焦枯死亡，烂根严重的，全株枯死。
君子兰产生烂根的主要原因：①施肥不当。施用未腐熟的有机肥，或施肥浓度过大，一次施肥过多，造成根系与土壤之间的反渗透现象，引起根系脱水干枯死亡或直接的烧伤腐烂。②盆内渍水。君子兰根粗含水量多，好气性强，土壤板结渍水，特别是在夏秋高温季节，浇水过量，容易产生缺氧、水煮烂根。③土壤碱化。培养土基质搭配不合理，有机质缺乏，盆土板结透气不良；或培养土配有未熟化的有机肥，烧伤根系；土壤碱性过重，也可引起根系腐烂。④病菌感染。根腐病等病菌多从伤口浸染，移栽、换盆，根系受到损伤，容易造成感病烂根。防止君子兰烂根的措施：
1.培养土消毒。君子兰培养土总的要求达到肥沃、疏松、有机质多、透气与疏水性好、呈微酸性、无病虫。可用塘（河）泥、腐叶土、菜园土、堆肥土、河沙等基质，按一定比例配制。配制好的培养土，采取炒、曝晒、蒸煮法进行高温消毒灭菌、杀虫、除草，或用福尔马林、二硫化碳、高锰酸钾等药剂喷洒熏蒸消毒灭菌后使用，每次换盆使用的新培养土，也需经过消毒。
2.保护伤口。君子兰根腐病多从伤口侵入，因此，苗木在上盆移栽或换盆、土壤管理时，要尽量减少根系损伤，受伤的根系及时剪除，涂伤口保护药剂，防止病菌感染烂根。
3.合理施肥、浇水。肥水管理不当是造成君子兰烂根的重要原因之一。有机肥必须充分腐熟后施，薄肥勤施，不施浓肥，肥料不干施，防止肥害烂根。适时适量浇水，以保持盆土湿润为原则，防止浇水过多，以免渍水缺氧烂根确保正常生长发育。
4.防治病害。君子兰主要病害有根腐病、疮痂病引起烂根，在加强肥水管理与土壤、苗木消毒处理保护的基础上，掌握在发病初期，用托布津、多菌灵、百菌清、退菌特、石硫合剂等稀释液浇根与喷洒防治。
5.烂根后的挽救。对病株连土从盆内脱出，轻轻磕去泥土，再用清水冲洗干净，剪去烂根、枯死根，用0.1%高锰酸钾浸泡5分钟消毒，在伤口上涂抹硫磺粉或草木灰或200倍硫酸铜液，放阴凉通风处2～3天，再用已消毒的新培养土上盆栽植。烂根严重的植株，经修根消毒后，先在素砂中培养，待发出新根后，重新上盆。