复合微生物肥通常有一定的保质期，过期后其肥效可能会降低。虽然过期的肥料一般还能使用，但如果已发生明显变质，则不建议继续施用。
这类肥料应储存在干燥、通风的环境中，避免阳光直射和潮湿，这样可以延长其保存时间。
使用方法上，液体复合微生物肥可与水按比例混合后进行土壤灌溉；而粉剂或颗粒状肥料则可直接在每株作物附近适量撒施。
复合微生物肥富含有机质和营养物质，能为作物生长提供长效养分支持。合理施用可促进作物生长发育，提高产量。
