土壤是病虫害的大本营，特别是君子兰的培养土中蕴藏着大量的细菌、病菌及虫卵等，给君子兰造成各种危害，所以在君子兰上盆前，要将培养土进行消毒处理。君子兰培养土常用的消毒方法有：
1、炒晒消毒法
君子兰播种基质多用河沙或细木屑。河沙经清洗后，放在烈日下经2～3天的暴晒，完全可以达到杀菌的目的。亦可将河沙放进锅里翻炒杀菌，炒20分钟即可。
2、二硫化碳消毒法
将培养土堆积成长方形或馒头状，在土堆上方穿透几个孔穴，每立方米的培养土用3、5克左右的二硫化碳，注入后在孔穴开口处用薄膜等盖严密。经过48～72小时，除去覆盖物，使二硫化碳散失。
3、福尔马林消毒法
在每立方米的培养土中，均匀地洒上40%的福尔马林400～500毫升，然后把土堆积，上盖塑料薄膜。经过48小时，去除薄膜翻动土壤，散去药味即可使用。