百合开花后会生长出一根长长的雌蕊，雄蕊围绕在雌蕊旁边。如果在室内养护，没有蝴蝶蜜蜂等来授粉，想要结种的话必须要通过人工授粉。把雄蕊的花粉直接涂抹到雌蕊上，这样就可以完成授粉过程。授粉之后几天，这花朵就会谢掉，保存养分来接种子。
很多花店里都会把百合的雄蕊摘掉，一来是为了防止雄蕊的花粉落到花瓣上减少观赏价值，二来就是为了防止它们授粉缩短花期。授粉成功10到15天，它的种子开始膨大。大约三四个月的时间，果实就会成熟裂开，可以采收。
到第二年春天就可以播种。播种的土壤用疏松透气肥沃的土壤。播种之后根据它的发芽以及生长的快慢，慢慢的也可以开花。因为百合的种球繁殖出芽率不是很高，所以平时不太用到种子繁殖法。一般适用的种球繁殖，把百合的小球摘下来单独培育，一两年的时间种球也会开花。