太阳花发芽后，如果太阳花花芽很是坚挺，继续生长，那不用去管理，因为这是太阳花的根须在生长。有时播种太阳花的时候，虽然覆盖了一层土，但在浇水过程中，难免会有太阳花种子被水冲出来，这样的太阳花发芽后，根须会露在土壤外面，因此会看到有白毛出现。
太阳花的根须露在外面也不必再覆盖土壤，太阳花会随着芽和根须的生长而附着在土壤上，继续生根发芽，因为种子的力量很大。
播种太阳花以后，浇透水要放在阴凉的地方，看到土壤干燥后及时浇水，但不能一次性浇水太多，否则盆土会太过湿润，加上阳光不好，容易导致霉变，使太阳花的芽变软。可以把太阳花养在通风好的地方，即便是温度低，覆盖塑料薄膜也要做好早晚通风。
除了通风外，浇水时不要出现积水。如果还有问题，可以用多菌灵可湿性粉剂喷洒，起到杀菌的作用。喷药时要注意使用雾化效果好的喷壶，避免再次积水以防止烂根。
在播种太阳花时，一些花友会在浇透水后将其放在遮阴处，这对于发芽害怕阳光的品种合适，但对喜光的太阳花来说不合适。长期缺乏阳光，太阳花容易出现霉变发白。
播种太阳花时，应将其养在通风好、有阳光的地方，适当喷水但不要太多，因为太阳花发芽需要阳光、空气和水分。种子发芽后有白毛主要是因根须发白，可以正常养护。土壤湿润度过大时要保持通风，避免积水。光线不足和土壤潮湿也会引发霉变。