在采收中，哪些细小的根茎我们要不要呢？一般白芍于种植后3年后开始采收。最佳采收时间山东地区以9月中旬到10月初。过早会影响质量和产量;过迟根内淀粉转化，干燥后质不坚实，质地清泡。采收选择晴天，割去茎叶，先掘起主根两侧泥土，再掘尾部泥土，挖出全根，起挖中务必小心，谨防伤根。除留芽头作种外，切下根部，加工药用。一般亩产干根600-800公斤。
通过对不同粗细的芍药根进行研究发现，芍药苷的含量并没有随着直径的增加而提高，而越细的根中药药苷含量反面较高。可见在进行芍药根采收时，不可育目收集粗根，造成资原浪费，对于无病虫害的相对细的根同样可以采收。