百合不能重茬种植，也不能与葱、蒜类作物轮作，前茬以豆科或禾本科作物为好。种植食用百合地块要与豆类、小麦、马铃薯等作物实行3年以上的轮作，茬口安排最好遵循以下2种方式：麦类—马铃薯—豆类—百合；或马铃薯—豆类—麦类—百合。
不能连作的原因
1、土壤养分缺少
在百合种植过程中，农户长期偏重施用氮肥，且百合生长过程中元素间的不平衡吸收和拮抗作用降低了肥料利用率，造成耕作层氮肥的浪费和上壤污染严重，而磷钾肥严重亏缺。钾离子可有效提高细胞内液泡的渗透势，增强气孔的调节能力，提高植株的水分利用率;另外，钾的施用能影响光诱导的气孔和非气孔因素，缩短干旱逆境选成的作物光诱导期。钾含量过低会显著降低净光合速率、气孔导度及蒸腾速率，影响光合产物的形成和运输，最终导致减产。对连续种植百合的土壤进行检查，发现土壤中钾的耗竭非常严重，速效钾含量仅占非百合种植土壤的一半，低钾成为严重影晌百合生长的土壤限制因子之一。
2、土壤变差
百合生长所需pH值为6.0~7.0，土壤中有机态养分费经过土壤微生物的参与，才能使之转化为速效养分而供应植物吸收百合连作应土壤pH值降至6.0以下时，就会严重影响其生长。土壤酸性越强，微生物活性越低，土壤存效养分越缺乏;而酸性环境又有利于真菌类病原微生物的滋生繁衍，可能总导致百合病害严重的原因之一，此外，酸与毒害也有着密切的关系，酸性土壤里容易产生有毒物质，对植物有毒害。连作后的土壤行机质含呈大幅降低，随着种植年份的增加，有机质不断减少，属于缺乏级别，有机质太低将加重土壤板结，不利于百合生长。
3、土壤中的病害虫害多
百合常见主要病害有细菌病害、真菌病害、病毒病害、线虫病害和牛理病害病害。传染源大部分来自种植土壤，如百合疫霉病、百合丝核菌等，轻则造成感病植株枯梢、叶片出现坏死斑块，重则下部叶片腐烂枯死脱落、根部和基盘坏死、鳞片腐烂及散落等。
4、植物化感物质增多
植物化感作用是植物通过淋溶、挥发、残体分解和根系分泌向环境中释放化学物质，而对周围植物(包括微生物)产生间接或直接的有劣或有利的作用，植物化感作用是造成连作障碍的主要原因之一。百合中某些亲水性的化感物质可能对细胞膜有一定的损伤，且根部较地上部更加敏感，是百合根部多发病害的原因之一。植物化感作用具有浓度效应，化感作用强度会随着化感物质浓度的增加而加强。连作年限越长，百合分泌到土壤中的物质越多，对植株生长抑制越强，导致百合植株病害增加，产量和品质下降更加严重。