袋式栽培灵芝一般有两端出芝和覆土出芝两种。
袋式栽培灵芝两端出芝法：做畦，床宽30厘米，畦床高25厘米，两畦间距50厘米。将灵芝袋排在畦床上，两头朝外，堆高6层。每层间最好用竹竿或无枝桠的树枝隔开。当袋两端表面转色有白色的菌蕾出现时，将袋两端的口剪开，促进菌蕾的生长，灵芝袋开口以2厘米为好，灵芝袋口开的小，出灵芝少而大，灵芝袋口开的大出灵芝多而小，灵芝袋口不能全张开，易造成灵芝袋内失水，影响灵芝生长，打开后10天左右，菌柄上可长出菌盖，子实体生长阶段温度控制在26~28℃左右，空气相对湿度85%~90%之间。可在地上洒水，畦沟间灌水。空气中进行喷雾，每日3~4次。切记不要往菌盖上喷水。光线以散射光为宜，避免直射光照，为使子实体正常发育，每天开通风窗3次，每次1小时，注意灵芝的生长需要新鲜的氧气，湿度的突然变化会造成灵芝畸形生长。
袋式栽培灵芝覆土出芝法：挖畦，畦宽90厘米，畦深挖35~40厘米为好。将长满的菌袋用剪子剪去袋口，去掉塑料袋，边去袋边进行栽培。袋于袋之间紧密靠近，菌棒栽好后填土，菌棒上面覆土2~3厘米，脱袋菌丝覆土过程中一定要小心，不能碰伤原基。覆土后浇透水，使菌棒充分吸水，促使菌丝扭结，以利出芝，覆土后10天左右即可出现芝蕾，浇水时注意不要将泥点溅到子实体上，否则会影响质量。