栽培食用菌后的废料也称菌糠，含有丰富的蛋白质、多糖及矿物质。将食用菌的废料晒干后，经粉碎，可用于畜、禽、鱼等动物饲养的饲料。
菌糠有棉籽壳菌糠、锯木屑菌糠、稻草菌糠、玉米芯菌糠、酒糟菌糠、醋糟菌糠等。由于菌糠中粗纤维含量会限制猪对饲料营养物质的利用，故猪饲料中添加菌糠的比例不宜超过20%。用25%~35%棉籽壳菌糠代替部分麦麸和玉米面作兔饲料，在整个饲喂过程中，家兔各方面表现正常，试验组兔的生长速度与对照组基本一致，日增重和料肉比差异不大。在北京鸭日粮中添加10%~15%的菌糠、蛋鸡饲料中添加10%~15%的菌糠、肉鸡饲料中添加10%的菌糠，均有利于其生长发育，可获得较好的饲养效果。