在食用菌的生长发育过程中，由于不当的栽培管理技术和不适宜的环境条件或遗传变异等原因，引起食用菌生长发育的生理性障碍，产生异常，甚至死亡，这种现象都列入生理病害。
一、菌丝徒长此现象在香菇、平菇栽培中均有发生。徒长的菌丝，在覆土表面或培养料面生长过旺，形成一层致密的不透水的菌被，造成出菇延迟或出菇稀少，大量减产。
发生原因：
1、管理原因。在平菇、香菇栽培中，不注意通风，覆盖的塑料薄膜未掀开通风换气，二氧化碳积累太多；香菇培养料表面湿度过大；平菇培养料干燥等，这些不良的环境条件都适于菌丝的生长，不利于形成子实体。从而造成徒长。
2、菌种原因。母体分离时，气生菌丝挑的过多，常使原种和栽培种产生结块现象，而出现菌丝徒长。
防治方法：
1、在菌丝生长后期，应注意菇房的通风换气，经常掀动塑料薄膜以增加透气，适当降低二氧化碳浓度；培养料调配湿度应适当，防止过干或过湿；适当降低菇房内的温度。总之，在栽培中，应加强科学正确的管理，避免菌丝徒长发生的环境条件，促进子实体的形成。
2、如果菌丝已经徒长，培养料表面出现菌束网或菌被，可用刀划破菌被或菌束网，喷一次重水，并进行大通风，降低温度，制造温差刺激，即可促进子实体的形成。
二、畸形菇食用菌在栽培中，常常出现子实体形状不规则的现象这称为畸形菇。如平菇出现无数原基堆集成的花菜状子实体，菌柄不分化或极少分化，无菌盖。平菇原基分化后，常由异常分化的菌柄组成珊瑚状子实体，菌盖无或极小。有的菌盖小而菌柄大，或菌盖歪斜，锯齿状，甚至歪斜、交叉。平菇、香菇有的菌柄粗而菌盖小，或菌柄弯曲，菌盖凹凸不平，菌盖边缘反卷或呈波浪形等。
发生原因：
造成畸形菇的原因很多，如机械损伤；菇房内的空气不流通，二氧化碳浓度过高；菇床里的光照不足；温度偏高；病毒为害；因病用药不当，发生药害；或理化诱变剂的作用，以及遗传变异等原因，均可造成畸形菇的发生。
防治方法：
防治畸形菇发生的措施主要是对症治疗，减少机械创伤，合理安排栽种时期，避开高温季节下出菇；加强菇房通风，给予适当的光照温度条件，合理使用农药，恰当使用诱变剂，选用优良的品种等。凡是综合适当的管理，均可减少畸形菇的发生。
三、幼菇萎缩多种食用菌栽培中会发生幼菇萎缩现象。其症状为幼菇及菇丛生长瘦弱，子实体颜色变黄白或淡黄褐色，菇体逐渐萎缩枯死。幼菇萎缩现象主要发生在头两潮菇出菇期间，小菇大量死亡，往往严重影响前期产量。
发生原因：
1、营养不良。培养料营养不足，含水量太低，出菇太密，营养供应不足。
2、高温高湿。菇房通风不良，二氧化碳积累过多，幼菇窒息。
3、出菇时，喷水过多，或对菇体直接喷水，导致菇体水肿黄化，溃烂死亡。
4、用药过量，产生药害，伤害了小菇。
5、菇房内空气湿度过低，幼菇失水致死。
防治方法：
注意供应充足的营养，加强菇房通风，控制适当温度湿度，适当喷水，适当用药。
四、菌丝生长缓慢或不生长草菇等食用菌在发菌阶段常会出现菌丝生长缓慢或不生长现象，导致出菇延迟或不出菇，而影响产量。
发生原因：
1、培养料含水量不适当，过多、过少均会造成菌丝生长缓慢，尤其是含水量过多时影响最大；培养料营养贫贫乏亦会造成菌丝生长缓慢。
2、培养料酸碱度不适宜，如酸度过高或过低均会影响菌丝的生长速度。
3、培养料的温度过高或过低，直接影响菌丝的生长速度。特别是当温度过高时，常会引起菌丝生长缓慢甚至烧死菌丝。
4、使用农药不当，发生药害。
防治方法：
针对述发生原因，采取相应的措施进行防治，总之，在栽培过程中，要采取一切适当的措施进行管理，创造适宜的环境条件，合理使用农药等，即可防治。
在食用菌栽培中，要协调好温、湿、气等因素，给食用菌生长创造良好的生活条件，使其健壮生长，就能避免上述生理性病害的发生。