(1)螨类：此虫体型较小，很难肉眼看见，形状很像棉红蜘蛛。主要危害菌丝体。由培养料或昆虫带入菇房。防治方法：搞好菇房及周围环境卫生，严格检查培养料和杜绝飞蝇进入菇房，发现螨类后，即用敌敌畏或三氯杀螨醇熏蒸或喷洒防治，对年年发生螨类的菇房用磷化铝熏蒸。
(2)跳虫：幼虫白色，密集时形似烟灰，故又称烟灰虫。常集于菇床表面和潮湿阴暗处。主要咬食子实体，造成小洞，并传播杂菌。防治方法：无菇时用100倍敌敌畏喷杀；有菇时用150倍除虫菊脂喷杀；大发生时，它们常在近床架的地面上聚集成带状，可用1000倍敌敌畏或400倍敌百虫杀灭。
(3)菇蝇：该成虫淡黑色，幼虫是一种白色的蛆。幼虫侵害食用菌子实体。防治方法：培养料灭虫卵，菇房窗口用窗纱封严，阻止成虫飞人，出菇后发生菇蝇用800倍敌敌畏杀灭，用黑光灯诱杀。