食用菌的病虫害防治比其它农作物的防治困难更大。一方面食用菌生长发育所需要的环境条件-营养丰富的培养基质，空间相对密闭，温度适宜，阴暗潮湿，也非常适合于病虫害的发生和发展，而且害虫杂菌往往发生在培养基质内，与食用菌的菌丝体混生在一起，难以分开来单独采取有效的防治措施。另一方面食用菌的食用部分---子实体都是裸露的，没有其它保护组织，又是健康食品，菇体的吸水力强，一旦在出菇期采用不得当的农药防治，就会造成农药的残留。因此，采取科学合理的病虫害防治方法，是食用菌生产获得高产、高效、优质、无公害的重要保证。
1：非侵染性病害的防治原理
非侵染性病害关键在于预防，从培养料的配制、发菌条件的调节，到菇房环境条件的控制，在食用菌的整个发育过程中，都要尽一切可能创造利于食用菌生长发育的条件来抑制此类病害的发生。
2：侵染性病害的防治原理
①防治原理：侵染性病害的发生和蔓延需要具备四个条件，即病原物、宿主、适宜侵染的环境条件、再侵染和蔓延，阻断病原：使侵染源不能进入菇房，如：不使用带病的菌种、培养料进行规范的二次发酵或灭菌，覆土材料用前进行蒸汽消毒或药剂消毒，旧菇房进行彻底消毒，清洁环境等。阻断传播途径：任何病害，在生长期如果仅发生一次侵染，一般不会造成危害，只有发生再次侵染，才会造成对生产的明显危害，因此，病害发生后阻断传播途径很重要，如用具消毒、及时灭虫灭螨等。阻断病原菌的生长：多数病害都喜高温高湿，适当降温降湿，加强通风，对多种病原微生物都有不同程度的抑制作用。杀灭病原物：进行菇房内外环境的彻底消毒和必要的药剂防治。
②防治原则侵染性病害一旦在子实体上发生，整株子实体的商品价值就完全丧失。由于菇房的高温高湿环境和每日必需的喷水管理，使病害的传播蔓延速度大大快于菇体生长的速度。
病害的预防应遵循以下几点：
以培养料和覆土的处理为重点：多种食用菌病害的病原物都自然存在于培养料和覆土材料中，也是食用菌病害的最初侵染源，因此，除必需进行发酵料栽培外，尤其在发病区或老菇棚，应尽量进行熟料栽培。在平菇的栽培实践中，近几年黄斑病普遍发生，具有严重发展的趋势，但熟料栽培的基本没有造成很大的危害。
栽培场所和菇房环境消毒要搞好：很多病原菌自然存在于土壤表面、空气和各种有机体上，特别是老菇房的墙壁和床架，会留有前一生产季节存留下来的病原菌。栽培环境和场所消毒最简单和经济的方法是阳光下暴晒，可将菇棚盖顶掀起，先晒地面，然后深翻，再暴晒。消毒液、过氧乙酸、漂白粉、硫磺等都是很好的环境消毒剂，且无污染。
栽培防治要贯穿始终：在整个栽培过程中，特别要注意温度和湿度的控制，加强通风，抑制病原菌的生长和侵染，同时注意用具的消毒，并创造一个洁净的生长环境。
一旦发病要及早进行药剂处理：出菇期病害一旦发生，要及早处理，如清除病菇，处理病灶，喷洒杀菌剂等。如处理不及时，很容易造成病害流行和蔓延，难以控制。
先采菇后施药，出菇留足残留期：在进行药剂防治时，如不先行采菇，药剂很容易污染菇体，并造成大量残留。因此，药剂防治时，必须做到先采菇，后施药，施药后菇房采取偏干管理，抑制子实体原基形成。目前使用的杀菌剂残留期一般为10-14天，而多数食用菌子实体从原基形成到成熟需要7天左右，因此施药后，最好要等6-8天才让出菇。
3：杂菌的防治原理与控制措施
杂菌与食用菌的关系相当于杂草与农作物的关系，它们并不像病原菌那样直接侵害食用菌，而是通过在培养基上的生长，与食用菌争夺养分，同时形成毒素来抑制食用菌的生长。因此，我们常称其为竞争性杂菌。危害食用菌的杂菌主要是霉菌类、少数的高等真菌、细菌和黏菌。
熟料栽培的杂菌控制熟料栽培的杂菌污染源主要有培养料带菌（灭菌不彻底）、菌种带菌、接种工具带菌、接种操作时外界杂菌侵入和培养期间的外界杂菌侵入等等。因此，防治要点是在接种操作中应严格进行无菌操作、一级种转管的次数不能太多、菌种长满菌袋（瓶）后要及时使用，防止菌种过度老化。
生料和发酵料栽培的杂菌控制生料和发酵料中自然存在着多种微生物。食用菌培养期间，杂菌污染能否发生主要取决于料的微生物区系中各种微生物之间的平衡状态，这种平衡一旦被打破，污染就发生了。通常应该采取以下措施预防：
①提高培养料的PH值，在不明显影响食用菌菌丝生长的前提下，抑制霉菌的生长。
②培养料要适当偏干，并增加透气性，促进食用菌菌丝生长，抑制霉菌生长。
适当加大接种量，占取料中微生物的种群优势。
③料中适当加入发酵剂等微生物制剂或施耳康、克霉灵等杀真菌药剂，能抑制霉菌的生长。
④创造有利于食用菌生长的环境条件，如温度、通风，促进食用菌菌丝生长来抑制杂菌的繁殖。
⑤科学合理发酵，制作只利于食用菌生长而不利于杂菌生长的选择性基质，包括适于食用菌生长的理化性状和微生物区系。
出菇期的杂菌污染控制一般而言，出菇期不容易出现初次的杂菌侵染，除非环境条件过于不适，如高温高湿或过度不洁。出菇期预防杂菌污染的有效途径：一是防高温高湿，保证通风充分；二是及时清理床面，清洁菇房，保持卫生状态良好。