碗莲叶片小小的圆圆的浮在水面，一旦发生病害，植株的颜值就会有所下降，所以病害防治一定要趁早。
碗莲斑腐病
病斑形状不定，叶片上初生水渍状小黑斑点，后扩展成圆形至多角形或不规则形，边缘黑色有黄色晕圈的病斑。
中间灰黑色有轮纹，病部易破裂或脱落，致叶片和叶缘残缺不整，严重时叶片大部分甚至全部变黑褐色腐烂，上生灰褐色霉层。
拔除病株后喷洒50%多菌灵可湿性粉剂600倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液，每隔10天左右喷一次，连续防治2～3次。
碗莲炭疽病
叶片上发病，初生褐色小斑点，接着斑点扩大为10mm以上的近圆形病斑，病斑边缘色较暗，，空气传播。
防治方法和斑腐病相同，也可以用50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液或80%炭疽福美可湿性粉剂800倍液进行喷洒。
碗莲腐烂病
病害全株，从根开始发病，殃及地下茎、叶柄、叶片和花梗，地下茎初期看似没有症状，但断面导管会变为淡褐色或褐色。
部分病茎变色并不明显，但是茎的全面或者一侧会出现纵皱，病茎长出的叶片呈现淡绿色，然后从叶缘开始干枯，引起叶卷缩导致枯死。
选择无病种藕，用50%多菌灵800倍液，加入75%百菌清可湿性粉剂800倍液，喷雾后覆盖塑料薄膜密封24小时，晾干后进行栽植。
碗莲叶腐病
主要为害浮贴水面的叶片，病斑形状不定形，有的呈“S”形，有的形如蚯蚓状，褐色或黑褐色，坏死部后期出现白色皱球状菌丝团。
后生茶褐色球状的小菌核，发病重的叶片变褐腐烂，难于抽离水面，高湿多雨的季节容易发病。
清除病残株，深埋或集中烧毁，发病初期喷洒50%多菌灵可湿性粉剂800倍液，每隔10d左右喷一次，连续防治2～3次。