小麦茎基腐病属于典型的土传病害，与玉米茎基腐病形成关联侵染循环，秸秆未充分腐熟、土壤中病菌连年积累、播种期土壤湿度大利于土传病害侵染危害，苗期侵染后茎基部叶鞘和茎秆变褐色，早期出现白色菌丝，湿度大变红褐色粉状物；抽穗期发病，旗叶叶尖变黄，5～7天呈青枯状死亡形成大量枯白穗，受害植株在茎基部易折断，根部一般不能拔出，一般减产10%～70%，甚至绝产。播种期和苗期为小麦土传病害防控的两个关键时期。经过农业生产中试验示范，主推“健身栽培+培育壮苗+适期晚播+播后镇压+选用良种+种子包衣+田间监测+科学防控+轮作换茬，减少病菌”小麦茎基腐病绿色防控关键技术规程。
1.健身栽培，培育壮苗
深翻土壤，间隔2～3年，于小麦秋播期深翻土壤一次，深翻达0.3米，精耕细作，充分腐熟还田秸秆，减少土壤中的病菌积累，合理施肥，基肥以充分腐熟的有机肥为主，配合施用氮磷钾复合肥，追施氮磷钾复合肥，加强田间管理，适期浇水，及时排水，中耕除草，保墒增温，培育壮苗，提高小麦抗病性。
2.适期晚播，播后镇压
适期晚播能有效减少土传病害苗期侵染几率，鲁西南小麦播种期以寒露节气前后播种为宜（一般10月10日前后），播种不易过深，以3～4厘米为宜，不漏播，不重播，播后镇压。
3.选用良种，种子包衣
选用山农111、山农29、科农2009、鑫麦296、岱麦1号、菏麦19、齐麦2号、山农15381、烟农999、泰农33、山农30抗病良种；选用27%噻虫嗪•苯醚甲环唑•胳菌腈悬浮种衣剂与种子按1:1000进行包衣，或31.9%戊唑•吡虫啉悬浮种衣剂与种子按1:200包衣，或选用600克每升吡虫啉悬浮种衣剂+6%氨基寡糖素•极细链胳孢激活蛋白干悬浮剂与种子比1:400进行种子包衣，兼治地下害虫及小麦纹枯病、根腐病及苗期蚜虫。
4.田间监测，科学防控
加强田间监测，小麦返青期早发现早防治，可用24%噻呋酰胺悬浮剂20～25毫升每亩，或18.7%丙环唑•嘧菌酯悬浮剂50～60毫升每亩，兑水50～60千克顺麦垄均匀喷灌小麦根茎部，重地块间隔7天再喷灌一次。积极推广新型植保机械精准施药，提高农药利用率，达到农药减量控害、农产品产量质量安全、生态环境安全的目的。
5.轮作换茬，减少病菌
小麦茎基腐病重发地块只能采取轮作换茬，减少土壤中病菌积累。小麦可与大蒜、圆葱、蚕豆等作物轮作，夏玉米可与大豆、棉花、绿豆、红小豆、辣椒等轮作换茬。