在蘑菇生长后期，应适时适量进行追肥，这样有利于提高产量和质量。但蘑菇追肥只能起一种辅助作用，必须注意效果，防止因追肥不当引起杂菌滋生。另外，还需掌握追肥的浓度和用量，浓度过大或用量过多对蘑菇生长都不利。追肥一般多在第三批菇采收以后进行，直至下一批菇的子实体长到黄豆大小时为止。此后，到采收前一般少追肥或不追肥。蘑菇追肥时，注意以下几个方面：
1.用量合理。掌握“少吃多餐”的原则，否则，妨碍菌丝体的正常生长。
2.时间适当。追肥的目的，是为菌丝体的繁育和子实体的成熟提供养分。因此时间上可在采2-3批菇后进行。
3.选择肥质。最好选用多种肥料轮流追施，特别对某些养分较单一的无机肥料进行轮流追肥，尤为必要。
4.杜绝病源。液肥中不得含有虫卵和病菌。所用的厩肥或粪尿，要经过发酵或腐熟、烧煮消毒，避免杂菌滋生，招致病虫害。
5.肥管配合。追肥需其他栽培措施相配合，尤其不可忽视提高培养料的质量。蘑菇只有在配制良好的培养料的基础上适当追肥，才能获得更好的收成。