大葱黑斑病属于常见病害，一般在阴湿地区易发病，该病发病初期在叶上生淡褐色椭圆形、纺缍形病斑，后期病斑略凹陷，呈暗紫色，有同心轮纹、上生煤烟状的粉沫，被害部软化易折。
大葱紫斑病通常在高温潮湿条件下发病比较普遍，病斑多在叶上发生，纺锤形，稍凹陷，有同心轮纹，呈紫色并覆有霉状物。染病处变软易折，重者叶子枯死。防治该病害，在加强农艺措施，培育壮苗的前提下，药物防治可用40%多菌灵胶悬剂400倍液，或50%代森铵600倍液。
由于大葱在阴湿区域容易发生黑斑病，所以在栽培时，要选择比较向阳干燥的区域栽培，同时，在育苗前要对种子进行杀菌处理，移栽前进行土壤消毒，并结合整地提前施入大量有机肥，前期培育壮苗，提高其抗病性。如采用药剂防治，可用75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液比较有效。