小麦全蚀病是一种分布比较广泛的毁灭性病害，是江苏省补充检疫对象，主要在淮北与沿海的局部地区发生。
小麦全蚀病为典型的根部病害，病菌仅危害小麦根部和茎基部第一、第二节间，苗期至成株期均可受害。幼苗期受害，初生根和茎基部变黑褐色，次生根上有大量褐色病斑，严重时病斑联合，根系死亡，造成死苗。存活病苗上部叶色变浅，基部叶片黄化，植株矮小，病株易自茎基部拔断。潮湿条件下，茎基部1～2节变成褐色至灰黑色（俗称“黑脚”）。病株返青迟缓，黄叶增多，拔节期叶片自下而上黄化，植株矮化，重病株根部变黑。抽穗后根系腐烂，病株早枯，形成白穗。发病初期病部可见褐色菌丝，后期在潮湿条件下，茎基部表面及叶鞘内侧布满交织的黑褐色菌丝层（俗称“黑膏药”），是病害诊断的主要依据。高湿时，茎基部叶鞘内侧的菌丝层产生不均匀黑色突起的子囊壳，呈小粒点状。
该病病菌主要以菌丝体随病残体在土壤中或混杂于种子间或粪肥中越夏越冬，成为初侵染源。播种后，病菌从麦苗根部、芽鞘等处侵入，返青后菌丝沿根扩展，侵害分蘖节和茎基部。拔节至抽穗期，造成根及茎基部变黑腐烂，病株陆续死亡，灌浆阶段出现枯白穗。连作田在一定时间内全蚀病逐年加重，至发病高峰年份后，病情则逐年下降，即为“小麦全蚀病的自然衰退”现象。土壤贫瘠、尤其是缺磷田块发病重；偏碱性及团粒结构好的土壤发病重；冬小麦过早播种，病菌冬前侵染早，侵染期长，发病重；地势低洼，多雨潮湿加重病情。
对小麦种子进行药剂处理可以预防全蚀病，适用药有硅噻菌胺、咯菌腈、戊唑醇、苯醚甲环唑等。小麦生长期田间发生全蚀病，可用三唑类药对准植株基部喷施。此外，加强检疫、选用耐病品种、轮作换茬、适当增施有机肥和磷肥等措施，对小麦全蚀病有较好的预防效果。