玛卡是一种纯天然食品，营养成份丰富，玛卡主要的病害是立枯病、根腐病，若防治不及时可危害玛卡全株，造成严重危害。
（1）立枯病
多发生在育苗的中、后期。主要危害幼苗茎基部或地下根部，即在距离表土层3-5cm的干湿土交界处，病菌侵入后，感病部位初为椭圆形或不规则暗褐色病斑，病苗早期白天萎焉，夜间恢复，发病部位逐渐凹陷、溢缩，有的渐变为黑褐色，当病斑扩大绕茎一周时，最后干枯死亡，但不倒伏。轻病株仅见褐色凹陷病斑而不枯死。
防治方法：
①做好育苗基质和苗床的消毒处理。
②认真选种和种子处理，要选用无病的种子育苗，在播种前用药剂进行消毒处理。
③做好田间管理工作，注意排水，避免苗床湿度过大，尤其是低凹易涝地块要注意排水。
④在幼苗移栽后，加强检查，发现中心病株立即拔除，并在做好消毒工作后进行补苗。
（2）根腐病
主要危害玛卡根部，受害的玛卡根部为黑褐色，逐渐呈现白色软腐浆汁状，有腥臭味，病株常由须根先烂，延及主根或在茎头部出现黄褐色病斑，不断扩大蔓延，以致全部腐烂。病株先是叶色不正常，继而萎焉，下垂，直至全株枯死。
防治方法：
①农业防治：种植前认真选地，切忌连作和种过十字花科植物的土地上种植。防止地下害虫为害，地下害虫为害引起根腐病发生的几率提高。注意田间排水，在高温高湿和田间积水环境下有利于根腐病的发生，所以，雨后要及时排水并结合拔草经常松土。发现根腐病病株及时拔除，集中销毁，并在拔除后在病穴内撒石灰消毒以防蔓延。
②药剂防治：在发病初期用65%代森锰锌500倍液或50%甲基托布津可湿性粉剂500倍液灌根。每7天一次，连续1-2次。