药用植物病虫害防治主要采取综合防治。综合防治是根据药用植物的生长特性和病虫害的为害规律，结合栽培技术与田间管理，进行综合治理，从而提高植物的防虫抗病的能力，以便把病虫害控制在最低危害程度。
1、植物检疫严格按照国家规定，对植物检疫对象进行病虫害检验，防止其它国家或地区传入新的危险性病虫杂草，并限制当地的危险性病虫杂草向外传播蔓延。
2、农业防治运用优良的栽培管理技术措施，促进药用植物的生长发育，以达到控制和消灭病虫害的目的。
（1）合理轮作：连作易使病虫害数量累积使危害加剧，通过轮作可改变病虫的生态环境而起到预防效果。
（2）深耕细作：可促进植物生长发育，同时也可直接杀死病虫，如冬耕晒垡。
（3）清洁田园：田间的杂草及病虫残株落叶，往往是病虫隐蔽及越冬的场所，成为下年病虫来源。将病株落叶收集烧毁，清除田间杂草，可以减少病虫害的发生。
（4）调节播种期：有些病虫害和药用植物某个生长发育阶段的物候期有着密切关系，如这一生长发育阶段避过病虫大量侵染危害的时期，可避免或减轻该种病虫的危害程度。
（5）合理施肥：通过合理施肥促进植物的生长发育，增强其抗病虫的能力或避开病虫的危害期。一般来说，增施磷、钾肥可以增强植物的抗病性，偏施氮肥对病虫发生影响最大。
（6）选育抗病虫品种：不同品种的药用植物对病虫害的抵抗能力往往差别很大，选育抗病虫优质、高产品种是一项经济有效的措施。
3、生物防治应用自然界某些有益生物来消灭或控制某些病虫害的发生。如利用食蚜瓢虫来防治蚜虫，利用抗生菌产生的抗生素防治病害等。
4、物理机械防治如人工及机械捕杀、诱杀等。
5、药物防治采用药剂拌种、土壤消毒、喷雾、熏蒸、诱杀等措施进行防治病虫。目前农药种类较多，应注意根据病虫害的特性正确选用，使用药剂防治时，也要注意人畜安全及残毒。