秋季番茄生长迅速，一般在假植到营养杯后15天内就需要移栽，移栽小苗（嫩苗）。不得蹲苗。要求充分保证生长。移栽时注意浇水，要求湿透土层，表面没有干土。可以先移栽苗子，等苗子活正常后再盖地膜。也可以先盖地膜后移栽苗子，但要求开口要大。
移栽后如果土壤很干、气温很高，可以进行一次沟灌灌水，以降低土温。
番茄的病毒病高温多发，应该多预防几次。由于致病原因不同，其症状多样：叶面呈现黄绿相间的花叶，果呈花脸症状；叶片向上卷曲，变厚变硬，严重时叶片呈线条状，植株变矮，叶片簇生；条斑坏死。防治方法是喷洒病毒A、病毒灵、植物生长助壮素等药剂。
虽然番茄的青枯病多在开花期间发生，但高温多雨天气幼苗易发。其症状是病株叶片色泽变淡，萎蔫状，多从顶端叶片开始，中午前后极为明显，傍晚至天明，叶片恢复正常，反复多日后，萎蔫加剧，并自上而下蔓延。后叶片不再恢复常态，全株死亡。防治方法是降温、土壤消毒、灌农用链霉素、氯霉素或红霉素有效。