育苗是番茄生产中的一个重要环节，幼苗质量的好坏直接关系到产量的高低。
1、沤根
沤根(烂根)时，根部发锈，严重时根系表皮腐烂，不长新根，幼苗易枯萎。
原因：床土温度过低，湿度过大。
对策：合理配制床土，改善育苗条件，保持合适的温度，加强通风换气，控制浇水量，调节湿度，特别是连阴天不要浇水。一旦发生沤根，及时通风排湿，增加蒸发量;勤中耕松土，增加通透性;苗床撒草木灰加3%的熟石灰，或喷施高效叶面肥等。
2、烧根
烧根时，根尖发黄，不长新根，但不烂根，地上部分生长缓慢，矮小脆硬，不发棵，叶片小而皱，易形成小老苗。
原因：有机肥未充分腐熟，或与床土未充分过筛拌匀;局部施肥过多，土壤溶液浓度过大;土壤干燥，土温过高。
对策：选用充分腐熟的有机肥均匀配制床土，不施用过多化肥，一定要控制施肥浓度，严格按规定使用;浇水要适宜，保持土壤湿润;降低土壤温度;出现烧根的，适当多浇水，降低土壤溶液浓度，并视苗情增加浇水次数。