木耳发生流耳病时，受害耳片前期呈淡黄色至咖啡色，表面发黏，有腥臭味，后期致整丛木耳腐烂。从致病原因上看，流耳是由线虫、细菌和原生动物综合作用的结果，其中线虫是产生流耳的主要原因。流耳的防治措施如下：
1.气温高时及时降温。窗口悬挂湿帘，喷水降温，夜间打开门窗通风降温，尽可能将温度控制在30℃以内。在这样的温度条件下，不仅木耳出耳快，出耳齐，开片好，色泽正，而且线虫的生长繁殖受到一定的抑制，若温度超过30℃，则线虫繁殖加快，容易产生流耳。
2.耳棚场地应有一定坡度，表层土以沙质土壤为好，以便于渗水。
3.水源清洁卫生，以洁净的深井水作水源最佳。
4.精心管理。木耳在不同的生长阶段对温度、湿度和通风的要求是不同的。在木耳原基形成期，保持相对湿度在80%左右，并适度通风。在原基分化形成期，珊瑚状耳芽相当幼嫩，此时相对湿度不宜过大，保持在80%～90%即可。在子实体生长阶段，为促进耳片快速生长，要加大通风，相对湿度控制在90%～95%。当子实体耳片充分展开、边缘变薄、耳根收缩、八分成熟时即开始采收。
5.发生少量流耳时，先清除流耳，再用1%～2%的食盐水喷洒木耳，同时用5%的石灰水喷洒地面，以控制线虫、细菌的进一步蔓延。