地面堆码贮藏选用没有直射光、空气流通，土质或红砖地面的空屋作贮藏室。地面垫5厘米厚稻草或麦秸，将老熟、无损伤南瓜堆上。堆放时，保持南瓜挨着地面的方向向下，瓜蒂朝里瓜顶向外码成圆锥形。每堆15～20个，大型瓜不要堆得太多，防止挤压，并有利于通风。贮藏初期夜间开窗通风换气，白天关闭遮阳，保持室内空气新鲜、干燥和凉爽,冬季关闭门窗防寒。
架式分层贮藏贮藏室内用竹木或角铁搭成分层贮藏架，每层高度比南瓜高8～10厘米。每层贮藏架上铺5厘米厚稻草或麦秸。南瓜摆放状态与堆藏相同，架式分层贮藏效果优于地面贮藏。
地窖低温贮藏地上铺垫5厘米厚的细沙或麦秸、稻草，堆放2～3层瓜；也可搭架子将南瓜放在架子上。窖内温度控制在10℃左右，相对湿度保持70%～80%。