中国南瓜种子颜色多为淡黄、白色或淡褐色。其形状扁平，千粒重125～300克，种子寿命一般5~6年。南瓜种子的大小、形状和颜色，周缘的有无，在脐部上形成的珠柄痕等性状，都是不同种鉴别时的重要依据。
相比之下，印度南瓜种子多为白色、乳白色或褐色。南瓜种子略大，千粒重可达500克以上，周缘平滑，且有不同颜色，珠柄痕倾斜。美洲南瓜种子偏平、灰白色或黄褐色，周缘与种皮相同。
南瓜类作物的种子由种皮、胚乳、胚等部分组成。子叶中贮有糊粉粒和油脂等养分。种子成熟度对发芽率有影响，由雌花授粉至种瓜采收一般需40~45天，采收后放阴凉处后熟10~15天，可提高发芽率。