西红柿施肥于定植后一星期内，施一次“催苗”肥，促进苗期的营养生长；到第一穗果开始膨大后，接着施第二次追肥，此次追肥就要重施，通常在畦面的行间开一条浅沟，加入一定比例的N、P、K化肥，也可同时加入适量的农家肥，以保证后续花芽和果实发育的需要；第一穗果成熟，第二穗果相当大时，茎叶又生长，需肥很多，要施第三次速效肥料；到第一至二穗果采收，第三至四穗果实正在迅速生长，又要施第四次、第五次肥料。
追肥和基肥都不宜偏施氮肥，要磷肥、钾肥配合施用。用人粪尿作追肥时，初期施用宜稀薄些，后期要浓些。在第一、二次追肥时，每亩宜加10-15公斤过磷酸钙。如果在生长前期发现叶色淡黄，可施一次尿素，每亩15-20公斤，效果很好。