在大蒜生产中，虫害主要发生2种，即南美斑潜蝇和葱须鳞蛾。南美斑潜蝇主要在大蒜生长前期(3-6片叶时)危害：葱须鳞蛾则在大蒜整个生育期内均有危害，以中后期为害较重。
南美斑潜蝇在大蒜3-4片叶时，选用阿维菌素类的1.8%害极灭乳油10-15毫升/亩，1.8%爱福丁乳油及1.8%虫满光乳油20-30毫升/亩等防治。10天1次，连续2次，即可有效控制斑潜蝇的危害，平均防效在90%以上；葱须鳞蛾的防治，选择百株虫量(幼虫)达20头以上时，用40%乐果乳油100毫升/亩、30%辛硫磷乳油80毫升/亩，或菊酯类农药进行防治，7天1次，连续2-3次，即可控制该虫对大蒜的危害。
此外，蓟马、蚜虫等多种害虫，在防治主要害虫时，对其有兼治作用，一般不必再单独防治。