1、施用钼肥能促进小麦氮素代谢。钼在作物体内最主要的生理功能是影响氮素代谢过程，作物吸收硝态氮后，必须在硝酸还原酶的作用下，转化成铵态氮，才能参与植物蛋白质的合成，钼是硝酸还原酶中不可缺少的组分。因此，缺钼小麦植株叶片的硝酸盐便会大量累积，给蛋白质合成带来困难。据测定：小麦用钼肥浸种和叶面喷施钼肥，小麦植株内氮素含量分别增加4.10%和1.21%，同时小麦植株体内蛋白质含量增加，氨基酸含量（脯氨酸除外）也有明显增加。
2、施用钼肥能促进小麦体内磷的代谢。钼酸盐影响正磷盐和焦磷盐酯类的化学水解作用，也影响到作物体内有机磷和无机磷比例。据测定：缺钼小麦叶片无机磷比正常叶片高4-6倍，重新供钼2-4天后，原缺钼小麦叶片的有机磷含量开始恢复，20天左右，小麦植株体内有机磷含量较对照增加15.20%。
3、施钼能提高小麦的抗寒力。施钼小麦在低温胁迫下，光化学反应和光合能力增加，氮代谢、磷代谢加强，小麦叶片可溶性糖增加，从而提高了小麦抵抗早春低温冷害能力。据田间调查，施钼降低小麦冻害死亡率10%-18%。
4、施钼能提高小麦叶绿素含量。小麦施钼后能显著增加各时期叶片的叶绿素含量，特别是增加了旗叶叶绿素含量。因此延缓了叶片衰老，延长了叶片功能期，提高了小麦的光合强度和光合能力及时间，增加了千粒重，提高了小麦的产量。
5、施钼有利于小麦干物质积累与运转。施钼后随着小麦植株光合面积的增加，促进了干物质积累和运转。