1、品种选择不当：盲目选用未审定的品种和不适宜本地气候、土壤条件的品种，导致结实率低，空秕率高。
2、不良的气候影响：一是高温伤害花粉发芽力和受粉能力，同时高温造成根系早衰，叶绿素含量降低，叶片功能下降，高温逼熟灌浆不足，呼吸作用强烈，有机物积累减少空秕粒上升。二是低温造成花药不开裂，花粉散不出，传粉和授粉不能正常进行。三是开花期遇到大雨或绵绵阴雨冲刷掉柱头分泌物，花粉吸水破裂，增加空秕粒。四是干旱或者是气候太干燥，不能正常灌浆特别是幼穗分化期对水份十分敏感，干旱会引起枝梗颖花败育，增加空秕粒。
3、密度过大：密度过大，造成植株过早封行，荫蔽，使功能叶受到的光照不足，通风透光受影响，形成的光合产物少。因而不能满足幼穗的分化、生长发育对营养的需要，从而导致空秕粒增加。
4、施肥不当：一是氮肥施用量过大，使植株生长过旺，造成营养生长和生殖生长矛盾，产生的空秕粒。二是氮肥施用过迟，造成贪青，不仅消耗大量的养份影响生殖生长，而且茎鞘中贮藏的化合物不能通畅的运到穗部。三是氮磷钾肥施用不当，重氮、轻磷钾，致使磷钾肥相对缺乏，导致糖份代谢和运输遭到破坏，输送到穗部的糖份相对减少，使幼穗分化、灌浆迟缓，造成空秕粒增加。四是施肥量过少，造成早衰，光合作用低，营养不良，空秕粒增多。
5、病虫害：病虫害影响水稻正常生长，植株长势弱不能很生长发育，特别是中后期病虫害严重会大大增加空秕粒的产生，孕穗期病害，造成幼穗不能正常分化，而产生大量空秕；抽穗扬花期病虫害，造成空秕粒大大增加；后期病虫害，影响灌浆结实，形成大量秕粒。