木椴黑木耳在制作菌种和栽培过程中，由于环节比较多，营养丰富，条件适宜，给杂菌和虫害的发生创造了机会。常见的有毛霉菌、根霉、链孢霉、绿色木霉等十几种污染菌，一经发现便很难防治，所以在栽培过程中要注意以下要点：
1、选用高产抗逆力强的菌种
2、尽量保护好椴木树皮，用石灰水对截口消毒
3、保持耳场的清洁，经常消毒
4、木耳成熟后要及时采收，并做好收耳后清理工作
5、发现感染杂菌和虫害的木耳或者培养料，要立即办理现场，减少病源传播
6、局部发生病虫害，可采用人工捕捉，部分挖出等方法处理
7、做好越冬耳木管理
8、栽培过程中做好温度、水分、通气的调控，采取促进木耳生长优势，药物防治为辅的管理方法。