黄瓜枯萎病是保护地黄瓜生产的一大主要病害。一般导致5%左右减产，重病棚枯死50%以上。枯萎病主要危害黄瓜的根茎基部。成株期一般在结果初期发病，病株表现为从下向上逐渐萎蔫下垂，似缺水状。数日后，病株茎基部缢缩并有琥珀色的胶状物流出，湿度大时茎基部会长出粉红色或白色的霉层，切开茎基部可以看到维管束变褐，这是枯萎病的重要特征。随着病情发展，病株很快枯死，茎基部易纵裂成麻丝状，很容易拔起。
枯萎病病菌生命力很强，能在土壤中存活5－6年以上。因此土壤中病原菌的多少是病害发生程度的决定因素，也是病害的主要侵染来源。连作地、土壤高湿、根部积水的地块，易促使枯萎病的发生蔓延。病菌从根部伤口或根毛顶端细胞侵入后，进入维管束，繁殖发育并引起中毒，造成维管束堵塞、变褐，导致植株萎蔫死亡。高温高湿是枯萎病发生的有利条件，在温度24－27℃，土温在25－30℃时，病害发生快。氮肥过多，酸性土壤(PH=4.6－6.0)发病较重。线虫多的地块及大水漫灌的地块发病均较重。
防治上除选用抗病品种外，可以采取下列措施：
一、实行轮作与非瓜类蔬菜、葱韭等作物实行3年以上的轮作，以减少病原菌在土壤中的积累。
二、土壤消毒以溴甲烷熏蒸消毒土壤。
三、种子消毒,用55℃温水浸种15－20分钟或用50%多菌灵300倍液浸种1小时，捞出洗净后摧芽播种。
四、嫁接手段用根系发达耐低温抗枯萎病的黑子南瓜做砧木，以黄瓜为接穗，靠接或插接，防病效果极好，防效可达95%以上，并且有显著的增产效果，是目前防治黄瓜枯萎病较理想的方法。
五、药剂防治在发病初期，用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液喷雾。或用70%敌克松可湿性粉剂1000倍液或50%立枯净800倍液灌根，每株灌250毫升，每7天灌一次，连续灌3次。