玉米矮缩病应强调预防为主、适期早防治的原则，突出以农业防治为主，辅以关键期的药剂防治措施。
1、选用抗耐病品种。目前主栽品种中缺乏抗病良种，但品种间抗性是有差异的。可以根据本地条件选用抗性相对较好的品种，如农大108、苏玉一号。同时应注意合理布局，避开单一抗源品种的大面积种植。
2、玉米田连同其周边环境，要及早喷施杀虫剂和除草剂，要特别关注灰飞虱迁飞盛期和玉米7叶期前的药剂防治，注意均匀和连续喷施，减少病毒的传播。杀虫剂选用10%吡虫啉可湿粉、3%啶虫脒乳油等1000倍液喷雾。
3、及时去除或结合定苗拔除早期感染病株，避免成为再浸染的毒源。
4、加强水肥管理，促壮苗提高植株的抗病能力。