温度较高时，选阴凉通风、地势高燥的地方储藏。采下的果实需先预冷，储藏前剔除病果和机械损伤果。先铺一层厚10厘米、宽100-150厘米的麦秸，长度根据储藏量而定。在麦秸上摆放一层果实，果柄朝下，果与果之间留2厘米空隙，上铺一层麦秸，厚度以盖住果实为宜，如此一层果实一层麦秸摆放6-10层，注意下宽上窄，最后外部铺一层麦秸，厚度为10厘米。此法可储藏1个月左右，好果率可达90%以上。分批出售时可从一头扒开，拿出部分番茄后仍用麦秸盖严。
塑料大中棚内秋延后栽培的番茄，在绿熟期采收后储藏，采收前、采收时和储藏期时刻都有低温影响，重点应做好保温工作。已进入硬熟期和完熟期的番茄应立即上市或食用，也可以放在5-7℃条件下短期储藏，一般能存放15-20天。绿熟期果实怕低温，在8℃以下较长时间存放果实会受冷害，表面出现水浸状斑点，下陷、褐变，果蒂周围变成浅褐色，严重时产生白霉、青霉或黑霉，甚至引起水分外渗，整个果实呈半透明水浸状腐败。绿熟期果实应先在10-14℃温度条件下缓慢红熟，然后在5-7℃条件下储存。储藏期适宜的空气相对湿度为85-90%，湿度过低易引起过度失水，果皮变皱，香味变淡。
此外，据有关资料报道，用1%蝇蛆壳聚糖水溶液与1‰阿米西达水溶液以1:1的体积比配制成混合液（淀粉浓度1%）浸泡番茄，晾干后装入保鲜膜中，置于25-30℃温度条件下可保存12天。