一、病毒病
由黄瓜花叶病毒（CMV）和甜瓜花叶病毒（MMV）感染引起发病的西葫芦叶片上出现黄绿相间或深浅相间的斑驳，叶脉透明，略有皱缩，病株较健株略矮，重病株叶片上发生深绿色疱状病斑，叶片畸形、叶小，后期叶片黄枯或死亡，病株生长缓慢，坐蕾、开花结瓜少或不结瓜，严重影响西葫芦产量。
防治方法：①选用抗病品种，从无病株上留种，如晋西葫芦一号、早青一代、丰田绿波等。②播种前种子消毒，用51℃温水浸种40分钟或将干种子置于70℃干热处理3天。③秋后延播种期避免高温、干旱、强日照条件下播种，避免和其它瓜类混栽，加强菜园管理，增施有机肥和氮磷钾配合施用，增强植株抗病性。④实行3～5年轮作，清除棚室内残株落叶和杂草，防止人为传毒。⑤治虫防病。蚜虫、白粉虱可用10％吡虫啉类农药2500倍液防治。⑥发病初期及时喷洒20％盐酸吗啉双胍？铜WP（病毒A）500倍液或1.5％植病灵WP1000倍或1.35％毒畏WP（三氦唑核甘？铜）1000倍液，隔10天一次，连续2～3次，采前5天停止用药。
二、灰霉病
由半知菌亚门灰葡萄孢菌侵染引起。主要为害西葫芦的花、幼果、叶、茎或较大的果实。发病时，病菌先侵染凋谢的花朵，长出灰色霉层后再侵入瓜条，造成脐部迅速变软、萎蔫腐烂，病部密生灰色霉层；染病的花落在叶片上，引起叶片发病，产生大型枯斑，病斑圆形或不规则形，边缘明显，表面生有少量灰霉。茎蔓受害，引起局部腐烂，严重时使茎蔓折断，整株死亡。
防治方法：①加强棚室栽培管理，谨防低温高湿病害流行。生长苗期和发病后适当控制浇水，降低湿度，防止棚顶结露，注意通风透光。②清洁菜园。彻底清除病残体，发病初期摘除病叶、病花、病瓜，将病残体带出棚外深埋或烧毁，防止病菌扩散。③未发病前可用70％代森锌WP500倍液或1∶1∶240波尔多液喷洒预防。④发病初期用50％异菌脲WP（扑海因）1000倍或20％百？菌核WP（菜病康）800倍液或25％福？腐WP1000倍或28％百？霉威WP（灰霉克）500倍防治，隔5～7天一次，连续3～4次，注意药剂交替轮换使用。
三、白粉病
由子囊菌亚门白粉菌和瓜类单丝壳菌侵染引起。主要为害叶片，发病初期在叶面或叶背面及幼茎上产生白色近圆形小病斑，正面多于背面，其后向四周扩展成边缘不明晰的连片白粉斑，严重时布满整个叶片，用手轻轻可抹去白粉。后期菌丝老熟变成灰色，在病斑上生成堆的黄褐色小粒点，最后变为黑色。
防治方法：①首先要选用晋西葫芦一号、早青一代等抗病品种。②合理施肥，增施磷钾肥，提高植株抗病能力，谨防棚室干湿交替造成严重发病。③发病初期喷施12.5％腈菌唑EC5000倍或25％百理通WP（三唑酮）800～1000倍或50％异菌脲900倍或30％苯醚甲环唑？丙环唑EC（爱苗）5000倍液效果好。
四、褐腐病
由接合菌亚门瓜笄霉菌侵染所致。该病主要为害幼瓜和花。一般在播种后35～40天开始发病，病菌白花蒂部侵入逐渐蔓延到幼果，被害果实从顶部向下随着病菌的蔓延扩展快速腐烂，湿度大时，病部长出白色绵毛，但无异臭味，随着腐烂病果颜色转变为褐黑色，少数情况下成熟的果实也受害，局部变褐软腐。
防治方法：①与非瓜类等作物实行3年以上轮作。②选用干净土壤营养钵育苗。③加强棚室栽培管理，实行高畦栽培、合理密植，株行距50×60厘米通风透光条件，减轻病害的发生。④及时摘除残花、病瓜集中烧毁，避免果实与地面接触。⑤在开花至幼果期喷洒72％锰锌？霜脲WP（克露）500倍液或69％锰锌？烯酰WG（安克锰锌）900倍液或58％甲霜？锰锌WP（雷多米尔锰锌）500倍液或64％恶霜？锰锌WP（杀毒矾）400倍液防治，效果好。