水稻种子的贮存，农户常用的方法有两种。
一是仓房贮存法。要求在11月上旬前把种子水分降到18%以下，在12月中旬把水分降到14%左右，仓房温度保持平稳状态，避免忽冷忽热。
二是密闭保温贮存法。适用于贮存含水量在14%-16%的稻种。密闭贮存常用的方法有3种：
1、囤套囤法：在装水稻种子囤的外面再套一囤子，在外层囤子和内层囤子之间装30-40厘米厚稻壳或其它粮食密闭保温。
2、围堆贮存法：用装满其它粮食的袋子做成“墙”，把水稻种子装在中间，上面再压上粮袋；或在地面先铺上席子，再在席子上堆稻种，稻种堆周围再盖上席子，然后再在席子上覆盖一层0.5m厚的干稻草保温。
3、窖贮法：选择地势高燥处，挖成长方形或圆形地窖，长方形窖深1.5-2米，宽不超过2米，窖底和四周铺好草帘，再铺上席子，将稻种装入，在稻种上面盖席子，然后再盖土30-60厘米，一般在冻化交替时，约11月初，种子才能入窖，气温0-2℃时，即第二年4月初将种子取出。在春季气温回升后，要及时进行晾晒降水，以免种子发热变质。