杂菌早期切除进入发酵室3日内，如发现个别菌袋表面出现点状霉点，属未形成孢子的轻度污染，可按照无菌操作规程，左手持菌袋倒置，右手持切除工具（直径1-1.5厘米，长25厘米左右的薄铁管，事先烧灼杀菌），打开菌袋用薄铁管对准污染切割，霉菌即顺管内排出，然后将菌袋封妥继续培养，成功率可达90%左右。
重新杀菌再利用1、进入发酵室5天内，其他管理正常，如果发现70%以上的菌袋，种块不萌动，也没有杂菌污染。属杀菌时间短，应立即全部回锅重新杀菌后再利用。2、进入发酵室7日内，如果发现霉菌污染数量超过1/3，不论是何原因，必须挑出污染部分，重新杀菌再利用。3、进入发酵室10天后，如发现菌丝吃料特别慢或停止生长，如果原料没有问题，就是袋内缺氧造成，要清除残菌、补充新料，重新杂菌再利用，并改进封口措施。
保本利用发菌晚期，发现杂菌严重污染，对好菌部分超过该袋的2/5者或好菌已占优势者，可选出继续培养作为出耳用，经验证明：千般情况下可收回成本。
改种元蘑平时挑出的少量污染不能及时处理，可放在低温处集中起来，到黑木耳发菌全部结束后，再将污染袋补充少量新料，重新杀菌后改种元蘑，实践证明：不但污染率低，出菇能比新料种的提前7天左右。