1、苗期伤害。当苗床中施用腐熟不充分的有机肥并且数量较多时，铵态氮转化为亚硝态氮，辣椒根系会受到伤害。有时还会引起缺铁症状，中心叶发黄，幼苗根数少。铵态氮太多还会引起幼苗嫩叶皱缩。
2、叶片伤害。施用太多的铵态氮肥料后，会产生氨气中毒，危害近地面的老叶，使叶片变褐。施肥量太多，在土壤酸性的条件下，容易发生在硝酸气体危害，使未长成的叶片变成畸形，或者部分坏死，功能叶片上产生褐色斑点。
3、产生脐腐果。辣椒生长发育后期，经常容易产生脐腐果，多是由于缺钙引起的。高温、干燥、多氮、多钾等条件，会使钙的吸收受到抑制，从而产生脐腐果。从辣椒初花期开始，可以用1%过磷酸钙溶液，或0.1%硝酸钙，或0.5%氯化钙溶液，加入5毫升/千克萘乙酸溶液，进行全株喷施。每隔15天左右喷施一次，连续喷2—3次。