温室黄瓜在栽培管理过程中常常出现弱棵，畸形瓜，褐斑病，甚至死秧，这些都直接或间接地与根系弱有关。所以，在管理中应采取措施培育发达根系，以达到抗病、增产的目的。
第一，定植前深翻土壤，并施腐熟的有机肥，为根系生长创造良好的土壤环境。深翻土壤25厘米以上，能为黄瓜的生长提供良好的土壤通透条件和营养供应。
第二，定植时可穴施生物菌肥，以菌抑菌，增强黄瓜根部的抗病能力。生物菌肥还有刺激生根的作用，可在黄瓜定植时穴施生物菌肥，以防病促根防死棵。
第三，蹲苗后及时中耕锄划，促根下扎。缓苗后及时蹲苗，以达到壮苗促棵的目的。蹲苗过程中，要中耕锄划2-3次，以改善土壤通透性，确保土壤墒情，引根下扎，培育发达的根系。
第四，黄瓜进入结瓜期，在根系、坐果都不好的情况下，应做到先养根后促果。一是根部灌施生根剂，叶面喷施叶面肥、细胞分裂素;二是使用高氮高钾的冲施肥，这样既可满足黄瓜瓜条生长所需的营养，又可促根壮秧。三是注意协调好结瓜和壮棵的关系。结瓜期及时疏瓜，不要养大瓜、老瓜，尽量不要过多使用激素处理瓜及瓜秧，防止根系早衰，秧苗老化。