红薯在贮藏中常发生烂窖造成损失。红薯发生烂窖的主要原因有以下六点：1.湿害湿害以井窖发生较多，贮藏初期，外界气温高，薯块呼吸旺盛，薯堆内水汽上升，在薯堆表面冷时凝结成水珠，薯块受湿害而腐烂。
2.干害干害是由于窖内湿度低，薯块细胞原生质失水，造成生理萎缩，引起酶的活动失常，容易糠心或溃烂。
3.冻害冻害是指温度降到-1~-2℃时，薯块内部细胞间隙结冰，使组织破坏而发生。
4.冷害一般是由于收获晚，或收获后不及时运回贮藏放在地里过夜而受冷空气侵袭。另一原因是薯窖保温或保管不善而受冷害，根据试验一般造成冷害的温度和时间是窖温8~9℃为10天，窖温5~6℃为6天，2~3℃为3天，都可给薯块造成冷害。
5.病害红薯在贮藏期造成的病害主要有干腐病、软腐病、黑斑病和线虫病。旧窖未经彻底消毒处理，贮藏期间管理不善等等都会引起病害的发生和蔓延。在贮藏前可用硫黄熏窖或用甲醛与高锰酸钾混合液密闭熏蒸。