在保护地蔬菜栽培中生理病害发生较多，番茄果实的生理病害直接影响到果实的商品性、可食性和经济效益，正确诊断番茄果实的生理病害，及时采取有效措施予以调节和矫正，对番茄高效栽培具有重要意义。
(一)脐腐病
1、症状：番茄脐腐病的症状初期是果实的蒂部呈水浸状暗绿色，不久变暗褐色或黑色坏死斑。病部果肉组织干腐收缩，脐部凹陷。
2、发生原因：番茄脐腐病发生原因主要与缺钙有关，在结果期土壤水分供应失调，光照不足，影响根活动；土壤盐基含量低酸化，土壤供钙不足，尤其沙性大的土壤；在盐渍化土壤上虽然含钙较多，由于盐分浓度高，根系对钙的吸收受阻也会发生缺钙的生理病害；铵态氮肥或钾肥施用过多造成氮磷钾失调，也易造成缺钙。缺钙造成脐部细胞生理紊乱，导致发病。
3、防治：培育壮苗促根系发育；土壤出现酸化现象，应施一定量的石灰；注意氮磷钾肥的配合使用，避免一次大量施用铵态氮肥或钾肥，结果后的30天是吸收钙素的关键时期，用1％的过磷酸钙、0．1％--0．3％氯化钙或硝酸钙进行根外追肥，可收到良好的预防效果。
(二)筋腐病
番茄筋腐病是保护地栽培上发生较为严重的一种生理病害，冬春茬栽培的番茄多有第一、二穗果上大量发生。
1、主要症状：果实着色不匀，横切后果肉维管束组织呈黑褐色。发病较轻的果实，部分维管束变褐坏死，果实外形没有变化，但维管束褐变部位不转红。发病较重的果实，果肉维管束全部成黑褐色。
2、发生原因：番茄筋腐病发生除与品种有关外，环境条件对发病轻重也有很大影响，光照不足，气温偏低，连阴天，对光合作用极为不利，容易发病；地温低，湿度大或干旱，土壤钾、硼、钙等元素缺乏，氮肥施用量过大，养分吸收不平衡也易发病；光温不足是发病的主要原因。
3、防治：选择抗病品种；进行轮作换茬，改善土壤营养，适量施用钾肥，避免土壤中大量铵态氮积累，改善棚内的光照条件是减少番茄筋腐果发病率的有效措施。
(三)畸形果
1、症状：果实膨大后有时呈现偏圆果、尖形果、横裂果、指形果、多室双体果等，统称为畸形果。
2、发生原因：畸形果多在花芽分化过程中发生，与花芽分化前的营养状况有关。开花期营养过剩，花芽分化遇低温，营养从叶向花的运输增多，使心皮数形成很多造成畸形果。激素处理不当也易形成畸形果。
3、防治：花芽分化期尽量避免养分水分过多和低温，激素处理浓度不宜过高。
(四)空洞果
1、症状：胎座组织生长不充实，果皮部和胎座种子胶囊隔离间隙过大，种子腔成为空洞而成为空洞果。外表看横断面多成多角形。
2、发生原因：主要是激素使用不当，当养分吸收过量，特别是氮素过多而又低温，出现空洞果的比例就大；保护地中光照不足或地温过低，根系受伤，果实得不到充实，易形成空洞果；激素处理幼蕾，易出现空洞果。
3、防治：选择适龄苗定植，避免偏施氮肥，注意氮磷钾肥配合施用；正确使用激素，沾花不沾蕾，沾花时，必须是开成喇叭口状的花，浓度要准确，量不宜过多，不要重复沾花。
(五)裂果
1、症状：在果实临近成熟时，在果蒂附近发生放射状的裂痕，并在果肩部出现同心状的龟裂。
2、发生原因：高温、干旱、灌水不当和遭遇雨淋是发生裂果的主要原因。另外，裂果还与品种有关，果皮薄容易裂果。经过一段干燥条件天气后，接着一场大雨或灌溉，水分向果实运输膨胀，造成裂果。
3、防治：防止果实长期阳光暴晒，避免果皮老化。在果实收获期前避免土壤水分含量的急剧变化和水分直接淋到果实上。钙、硼不足可使果皮老化引起番茄裂果，在土壤钙硼含量低的条件下，应及时补充钙肥和硼肥调节各种养分比例，氮肥和钾肥不宜过多，以免影响钙的吸收。在干旱条件下钙和硼的吸收也会受到影响，均匀灌水利于钙硼的吸收，防止裂果。
(六)网纹果
1、症状：在果实膨大期透过果实的表皮可以看到网状的维管束，接近着色期严重，到了收获期网纹仍不消失，这种果实叫网纹果。
2、发生原因：网纹果多出现在气温较高的夏初季节，土壤氮素多，地温较高，土壤粘重，且水分多，土壤中肥料易于分解，植株对养分吸收急剧增加，果实迅速膨大，最易形成网纹果。
3、防治：控制氮肥的施用量，在肥沃的土壤上不要施用过多的易分解的鸡粪等有机肥，在气温升高时，保护地内应加强通风，防止气温和地温急剧上升。
(七)日灼果
1、症状：日灼果大部分发生在果肩部，受阳光照射的一面变白，并出现凹陷状。
2、发生原因：日灼果主要发生在高温期露地栽培和春季保护地栽培的末期。果实受到阳光照射的部分果温上升，组织灼伤变白。
3、防治：防止日灼果的方法与防止裂果的方法大致相同，最重要是避免果实受阳光直射。