1、微冻贮藏与菠菜冻藏类似，在风障北侧建半地下式冻藏窖。窖宽200厘米左右，四周建有高100厘米、厚50—70厘米的土墙。在培土建南墙时，在墙中间每隔80—100厘米立一根直径为15厘米左右的木杆，墙建成后拔出木杆，即形成一排垂直的通风筒；再在通风筒的底部横穿窖底挖宽为25—30厘米的通风沟，加上北墙贴地面挖的进风口，形成L形的通风系统。在通风沟上铺一层秫秸、再铺一层细土，就可把成捆（每捆10千克左右）芹菜根向下地斜放入窖内，装满后在其上面盖一层细土，使叶片似露非露。随气温下降可逐步增长覆盖的土层，其厚度约15厘米左右。气温在—10℃以上时，敞开通风系统；到了—10℃以下时，堵塞北墙外的进风口，经过调控使沟温维持在—1—2℃，这时菜叶间可浮现出白露，而叶柄和根部不结冻。需要上市时，可从窖中取出，先放在0—2℃的环境下面迟缓解冻，待恢复新鲜情况即可整修上市；或在出窖前5—6天拔去南侧遮荫障，而改设在北面，其上覆盖薄膜。待土化冻后一层层地铲去，最后留一层薄土保护芹菜，使之迟缓解冻。后一种方法耗费小，效果较好。
2、假植贮藏北方地区普遍采取此法贮藏。先挖宽、深各为70—150厘米的假植沟，再把芹菜连根带土铲下，以单、双株或成簇假植在沟内。株、行之间应恰当留有通风空隙，以便通风散热。还可每隔100厘米左右，在芹菜间横架一束秫秸，或在沟帮两侧按恰当距离挖通风道。假植后要灌水浸没根部，以后依据泥土墒情可适时灌水。覆盖物与菜间应维持一定空隙或在沟顶作疏落棚盖，以便投入一些散射阳光而进行微弱的光合作用。在全部贮期，沟温应维持在0℃左右。
3、冷库贮藏通常采取自觉气调法贮藏，库温节制在0℃、相对温度维持在95％以上，具体方法可参见菠菜冷库贮藏。采取此法本芹可贮藏1个多月；西芹的耐贮性更强，在相同的条件下可贮2个来月。
4、运输及包装芹菜的运输多为公路或铁路。应采取保温车，在适宜的温、湿度条件下运输。芹菜植株长而脆嫩，易折断造成机械损害，恳求采取较长型的竹筐包装，严防挤压。