红南瓜一般在田间管理粗放，杂草较多、水肥供应不均衡，蚜虫为害严重的情况下病毒病发病较重，造成红南瓜大量畸形、早衰、死亡。防治应以预防为主，做好综合防治措施。
红南瓜种植前使用消毒剂进行脱毒处理，以减少种子带菌传播，减少田间病毒病病菌源。幼苗出土后喷施新高脂膜以保护植株，隔离病菌感染，促使红南瓜茁壮成长。及时防治蚜虫、白粉虱等传播性害虫，减少田间病毒病侵染源。均衡浇水、施肥，施用氮、磷、钾肥，提高红南瓜抗病性。叶面喷施壮瓜蒂灵，提升红南瓜吸水吸肥能力，减少裂瓜、僵瓜、畸形瓜发生率，降低病毒病侵染率。