玉米丝黑穗病主要为害玉米的果穗和天花，一旦发病，通常全株颗粒无收。因此，该病的发病率即等于病害的损失率，为害相当严重。许多地区常将本病与玉米黑粉病混同一起，统称“乌米”和“灰包”，但两种病实际上是由不同病菌所产生的不同病害，应加以区别。
1、症状识别：本病是苗期从玉米芽鞘入侵的系统性病害，症状表现主要在抽雄后。病果穗外观比正常果穗短，基部大而端部尖，顶部没有花丝抽出。有时一侧苞叶裂开，露出黑色粉末,病穗全部变成黑褐色的孢子堆,孢子不易飞散,其中混有玉米植株维管束的残余物。天花发病的植株一般无花穗，刚抽出的花轴顶端病变成一小堆黑色孢子堆，有时天花抽出后后小花畸变为叶状物。
2、影响发病的因素：病菌以落入土中，混入粪肥或被种子携带的一种能够抵抗不良环境的特种孢子——厚垣孢子越冬，翌年在适宜的条件下，厚垣孢子萌发并通过芽鞘侵入寄主幼苗。入侵后，菌丝进入植株生长点，随植株生长，蔓延至果穗和天花，形成孢子堆,成熟后又散出孢子,完成其1年1次的侵染循环,无再侵染产生。
土壤和粪肥的带菌量以及土壤的温湿度条件是影响本病发生的最重要因素。土壤温度较低并且比较干燥时，玉米出苗迟缓，增加了病菌侵染的机会，发病率高，有利于丝黑穗病的流行。反之地温高、出苗快，发病则轻。因此，在冷凉山区，丝黑穗病发生就重。据试验，本病菌在土壤中可存活3年以后，倒茬3年可有效地防治本病。
3、防治方法：
（1）选用抗病品种：品种间对本病的抗性有明显差异。目前生产上常用的抗病品种有中单2号、中单14号、中单12号、辽单18号、丹玉13号、陕单9号、豫玉2号、豫玉11号等。
（2）实行轮作、深耕：连作多年易使土壤中菌量增多，发病重。实行3年以上轮作，基本上可消灭土壤中病的为害。另外，深翻土壤，将病菌孢子压倒播种层以下，再减少菌源，减轻发病。
（3）早期拔出病株：在病穗白膜未破裂之前拔除病株，并把病株拿出地外深埋或烧毁，以免病菌落入土中。
（4）药剂防治：此病是苗期一次性侵染的病害，在苗期利用药剂预防病菌的侵入，将会有效地控制本病的发生。
第一，用25%的粉锈宁或羟锈宁，按0.3%剂量拌种，防治效果可达90%左右。也可用玉米糊作粘着剂增加药效。
第二，用70%五氯硝基苯做成含药量不超过0.7%的药土，播种时覆种效果较好。
第三，利用种子衣剂防病。目前生产上有多种种子包衣剂，可有效地防治病虫害。据吉林省四平市农业科学研究所报道，玉米种子包衣处理后，对丝黑穗病的防治效果可达63.3%-87.3%。