1.蘑菇病斑型以褐斑病为主，子实体表面有白色的毛状菌丝，同时着生褐色小斑点，受其影响，蘑菇顶盖上出现萎缩，个别的蘑菇盖部干裂；还有的以锈斑为主，蘑菇柄、菇盖上出现铁锈色的斑点。发生原因：棚内湿度过大，通风不良。防治办法：栽培中不要浇水过多，控制棚内的湿度，注意通风。
2.畸型主要表现在蘑菇柄细长，根系发达且粗壮，外部形态好像海中的珊瑚。发生原因：大棚中缺少氧气或者通风不良。防治办法：及时放风。
3.徒长型：蘑菇的菌丝体表层生出大量团状气生菌丝，使平蘑出现了徒长的状态。发生原因：大棚内湿度过大，影响了蘑菇的正常生长。防治办法：湿度过大时要加强通风，降低湿度。
4.有的平蘑受螨虫（红蜘蛛）的为害，主要表现在平蘑的菌丝体和子实体受害。个别的菌盖、菌褶也受为害，造成平蘑表面出现了许多黄色凹形斑，影响了平蘑的质量和外观。另外，在平蘑生产中，种蝇在平蘑基部产卵后，孵化出大量的幼虫（又叫蛆），为害平蘑的各种部位。防治方法：不管是红蜘蛛还是种蝇，均可用1.8％的虫螨克400至600倍液加植物细胞免疫因子或4％绿菜宝乳油400到600倍液加护树将军喷雾。