1.轮作。芹菜软腐病主要通过土壤等传播，重茬地的土壤中易积累大量的病菌，连茬势必易发病和加重病情。所以，应实行两年以上的轮作。
2.栽培管理。由于软腐病菌首先是从植株的伤口处侵入，因此，植株伤口是发病的重要因素之一。为此，在定植、中耕、除草等各种操作过程中，应避免伤根或使植株造成伤口。定植不宜过深，培土不应过高，以免叶柄埋入土中；雨后及时排水；发现病株及时清除，并喷施护树大将军消毒杀菌或撒入石灰等消毒；发病期减少或停止浇水，防止大水漫灌。
3.及时防虫。昆虫也能在植株上造成伤口，导致发病。所以，应及时防虫。