1、幼苗的采收：采收幼苗的木耳菜在播后40天左右，当苗长到5~6叶时，就可以采收了。由于木耳菜种壳较硬和覆土厚度不同等因素，木耳菜的出苗时间也不同，因此幼苗的大小也会不同，在采收幼苗时要分批采收，也就是说对于已长出5-6片的幼苗要及时采收，而对于不足5-6片的幼苗要保留，让其生长一段时间后再采收。
2、嫩梢的采收：以采收嫩梢为主的木耳菜，当苗高30cm时，就可以第一次采收了。采收时，留3-4片叶将上部的嫩梢用手掐下，由于木耳菜在生长过程中会长出很多侧枝，如果侧枝太多，消耗营养也多，木耳菜就不能很好的生长，因此在第一次采收时要选留2个强壮的侧枝，其余的侧枝都应抹去；第二次采收的是侧枝上的嫩梢，采收的标准也和第一次采收相同，此次采收后要留2-4个强壮侧芽，就这样7-10天采收一次。在木耳菜的生长旺期可选留5-8个强壮侧芽，在木耳菜生长的中后期应随时抹去花蕾，到采收末期，植株生长势已经减弱，此时采收后应选留1-2个强壮侧芽，这种管理有利于使木耳菜叶大、梢肥、茎壮，品质好，产量高。一般采收期2-3个月。
3、嫩叶的采收：以采收叶片为主的木耳菜，当苗高20-30cm时，就要搭架供木耳菜攀爬了。搭架一般采用竹竿。为了便于竹竿顺利插入土壤，在搭架前最好先浇一遍水。在幼苗外侧距幼苗6-10厘米处将竹竿插入土壤。竹竿的插入位置不可离幼苗太近以免伤及幼苗根系。为了保证牢固，将四根竹竿的上端绑在一起。木耳菜爬架后除主蔓外，在其基部选留2条健壮侧蔓，组成骨干蔓，骨干蔓上先不留侧蔓，主蔓长至架顶时要及时摘心，以后的主要任务就是培养骨干蔓了。当骨干蔓长至架顶时也要摘心，然后在各骨干蔓基部选留1-2条侧蔓，逐步代替原来骨干蔓。原骨干蔓叶片采完后剪掉下架。从上架到主蔓摘心为采收前期；采收骨干蔓到培养骨干蔓的侧枝为采收中期；从剪掉原骨干蔓到木耳菜下架为采收后期。前期12~15天采收一次、中期10~12天采收一次、后期5~7天采收1次，一般采收期3-4个月。