1、温度管理
秋季的气温逐渐由高向低变化，除下雨天外温室内应保证昼夜通风，白天温度不高于35℃，夜间温度不高于26℃，下雨时及时关闭顶风口，雨停后应立即打开风口。
番茄进入开花结果期后适宜生长温度为白天温度在28-30℃，夜间不低于13℃。9月下旬以后，天气渐凉，当气温降到13℃以下，应关闭风口，进入10月中旬后，应逐渐减少通风量，按照风口由大到小的原则进行管理。10月下旬时夜间应放下棉被进行保温。
2、光照管理
在秋冬茬的生产中光照强度较弱，应及时清洁膜面，减少积尘，以增加透光率。阴天后的暴晴天，要适当进行遮阳，避免植株受到生理伤害。一般10月底前应尽量增加光照强度，在保证温室温度的情况下，早揭晚盖棉被，尽量延长光照时间，使植株多见光。
3、水肥管理
温室内空气湿度过大容易引起病虫害的发生，采用膜下滴灌的技术进行灌溉可有效降低空气湿度。9月下旬以后适宜浇水时间选择在上午，有利于地温的回升和温室内空气湿度的调控。
秋季温室番茄在水肥管理上坚持“少量多次”的原则，根据番茄的需肥特点在每穗果实迅速膨大期追一次肥，9月底前视情况每5-7天浇水施肥一次，控制水量在8-10方/亩。进入10月份以后，每7-10天浇水追肥一次，10月下旬后，外界温度降低，为了保温，风口开放时间缩短，温室内湿度增大，应在保持浇水量不变的情况下，延长浇水间隔至13-15天。随水冲施高钾肥10-15公斤/亩，可视情况结合病虫害防治进行叶面追肥，喷施0.3%磷酸二氢钾或者番茄专用叶面肥。
4、植株调整
秋冬温室生产中前期温室内湿度大、温度高，后期温度降低、光照减弱，因此要加强植株调整，改善室内通风条件，重点做好以下几方面：
（1）及时打掉基部病叶，及时疏花疏果；
（2）加强整枝管理：第一穗花序开放时及时吊绳，两畦分别向上直立吊起。采用单杆整枝的方法，第一次整枝打杈应在第一花序下侧枝长到7-8cm时进行，避免植株徒长，促进根系生长，以后应及时摘除所有侧枝。
（3）当番茄每一穗果发白后，摘除果下所有叶片和上部部分叶片，保持上一穗果下有两片叶，果实成熟后及时采收。
5、病虫害防治
优先采用农业防治、物理防治、生物防治等手段来预防病虫害的发生，以化学防治为辅。注意勤观察、早发现，当点片发生时要及时防治。进入10月份以后，由于通风量逐渐减少，温室内湿度增大，低温高湿易导致灰霉病、霜霉病等病害发生，同时由于外界温度的降低，蚜虫、粉虱易向温室内温度较高地区迁移，因此应加强烟剂药物及防虫网的应用，同时应仔细检查防虫网，发现漏洞及时补救。