一、土壤结构及酸碱度的变化。长期连作后的棚室，土壤中有机质含量降低，土壤团粒结构遭到破坏，不利于棚室蔬菜的生长。长期连作还使土壤中的某种单一微生物群体大量增加，会引起土壤酸碱度的变化，影响蔬菜生长。
二、病虫害基数加大。多年连作，棚室土壤中的各种病虫害逐年积累，尤其是土传病害及地下害虫的增加更为迅速，容易引起某些病虫害突然性大爆发。
三、营养不足。连续多年在同一地块种植同一种作物，使得土壤中该营养元素的含量较低，而平时又不注意及时补充。特别是对作物生长发育有重大影响的微量元素的消耗，就容易使植株营养不足，生长发育不良。
四、盐类的积累。长期连作、不当的栽培管理方法以及连续多年的偏向施肥，容易造成棚室土壤的盐分累积。每一种作物吸收营养都有选择性，土壤中的营养成分被蔬菜根系选择吸收后，留在土壤中的剩余盐离子就会增加，当积累到一定程度后就形成盐害；加上种植户盲目追求产量和收益，过度施用化学肥料，造成盐分积累的速度更快，有的甚至形成盐碱地。
五、自毒性增加。作物生长过程中的根系分泌、微生物的自身活动、化学农药及化学激素的施用等都会产生有毒物质。多年连作的棚室，当土壤中的有毒物质达到某一临界浓度后，就会引起蔬菜的毒害作用。
防治方法
一、轮作换茬。采用蔬菜与大田禾本科、豆科作物轮作的方法，来解除连作障碍最有效、最经济。但会影响棚室的利用率和收人。
二、嫁接。用黄瓜、甜瓜与南瓜嫁接，利用南瓜高抗枯萎病、高抗土传病害的特性以及南瓜根系耐低温、吸收能力强的特性克服棚室连作障碍。这种方法效果好，而且能够连年生产，不影响棚室的经济效益，生产中大多采用。
三、土壤消毒。高温季节，将棚室密闭升温，对棚室土壤可起到杀菌消毒和除盐的作用。这种方法易于操作，效果较好，但棚室生产不能周年进行，影响棚室的经济收入。也可以采用福尔马林、福美双等药剂进行土壤消毒。
四、换土。种植前将棚室内的表土取出运出棚外，然后回填外部新土或利用原来棚室内的下部新土。这种方法防治效果不是很好，费工费时。