有机蔬菜病虫害防治的基本原则为“预防为主，综合防治”。
1.选择品种：选用抗病性强、抗虫，种子饱满、芽率高的有机蔬菜品种。
2.清理田间：及时拔除田间杂草，做好外来人员进出生产大棚的防护措施等，为有机蔬菜生产提供一个无病菌、无虫卵的环境。
3.环境调控技术：针对不同有机蔬菜种植品种与生产季节，通过开、闭通风口，加盖保温材料、临时加温、遮阳降温、临时补光、二氧化碳施肥等技术措施，调节有机蔬菜生产棚室内的温度、湿度、光照及二氧化碳浓度，为所种植的有机蔬菜生长提供必要和适宜的气候环境。如冬春季节日内光温室有机番茄、黄瓜、辣椒种植，在晴天上午日出后到开启通风口前，增施二氧化碳，可提高产品产量10%以上，并可提高产品品质。夏秋季节，通过遮阳网覆盖，可降低棚室内温度，有利于各类有机蔬菜越夏生产。
4.整枝、嫁接：通过合理整枝，调整有机蔬菜植株生长势，去除老、残、病枝叶，可增提高植株间光照、空气通透性，强植株长势，预防病虫发生。在整枝时，应选择晴天上午进行，避免在阴雨天或灌水后进行，要使伤口尽快干燥，可防止蔓枯病、疫病的发生。有机甜瓜生产中，在开花坐果期要及时进行整枝，去除多余侧枝，调整营养生长与生殖生长之间的平衡，可提高甜瓜坐果率。长季节栽培的有机番茄、黄瓜要及时进行落蔓管理，将主蔓在地面进行盘绕，降低生长高度，利于管理与采摘。生产中已普遍采用的嫁接有机蔬菜品种有黄瓜、西瓜、甜瓜等，通过选择抗土传病害、根系生长势强的砧木为黑籽南瓜，西瓜多选用白籽南瓜为砧木。生产中，通过适时增施有机生物钾肥，增强植株长势，可提高植株抗病性。
5.物理隔离技术：主要采用30到40目规格防虫网覆盖棚室通风口，或搭建防虫棚，防治外界害虫蚜虫、白粉虱、小菜蛾等迁入棚室内造成危害。
6.诱杀技术：主要利用害虫的趋性进行诱杀。黄色粘板可诱杀蚜虫、白粉虱、烟粉虱、斑潜蝇等；蓝色粘板可诱杀蓟马；糖醋液等可诱杀夜蛾类和地老虎；黑光灯和频振式杀虫灯诱杀菜蛾和夜蛾类害虫；采用昆虫性外激素进行诱杀等。
7.采用丽蚜小蜂、瓢虫等天敌防治技术进行防治。
8.采用有机产品国家中许可使用的生物源药剂和天敌进行防治。
此外，还应选择合理的轮作制度、适宜的栽植密度、适宜的肥水供给、人工摘除病叶虫卵等措施，均可对有机蔬菜中的病虫害起到有效防治。