常言道“全苗保丰收，缺苗产量丢”。苗齐、苗壮、无断垄是甜玉米获得丰产的前提；而良种、肥土、精细管理则是确保全苗的关键。
一、缺苗断垄发生的原因
1、种子本身的原因目前生产上应用的甜玉米其基因库中，由隐性单基因控制的胚乳突变体均属淀粉缺陷型，使淀粉合成酶的活性丧失，控制了糖类向淀粉转化，导致籽粒含糖量升高，淀粉含量显著下降，因此粒重极低。由于高糖引起高渗，种子不易脱水干燥，因此成熟种子易遭受冻害，脱水慢也易使种子感染串珠镰刀菌，被感染种子出苗率降低。另外甜玉米种子胚乳皱缩使得果皮与胚乳之间有气泡，使种子在加工、运输过程中容易受损，也降低了发芽率。因此甜玉米发芽率、出苗率低，以及苗期生长缓慢是其本身固有属性。此外使用陈旧种子、发育不良的种子或未经精选加工的种子也容易发生缺苗断垄。
2、栽培环境不适
①土壤环境：土壤过粘、过沙、过干、过湿和肥力过低等不利因素，也不利超甜玉米发芽和出苗。
②气候环境：昼夜温差不大，病虫害较多，光照不足，气候过湿，湿度过高、过低等都不利于其生长。
③栽培技术不当：田块不平整，土块过大压苗，播种覆土过深、过浅，土壤过渍、过干，未及时排灌，施肥不当，未及时防治鼠虫害等也是甜玉米缺苗断垄的原因之一。
二、主要应对措施
1、选育和选用良种
种子出苗率低，苗期生长势弱是制约甜玉米发展的主要问题。虽然甜玉米胚乳缺失，淀粉减少，粒重减轻，但许多研究表明，不同的核背景，通过修饰基因，或者是微效多基因，对胚乳突变基因的效应起一定的修饰作用。因此通过适宜的选择，可以积累这些有益的修饰基因或微效多基因，从而削弱胚乳突变基因的不良效应，提高种子发芽率和苗期生长势。生产上应选用籽粒大、粒重高、发育完全良好、经过精选加工的合格种子。
2、种子准备
播前要进行种子处理，目的是提高种子发芽率，防止播后病虫危害，促进苗期正常生长，常用的方法有晒种、药剂拌种、发芽试验(生产要求甜玉米种子发芽率应大于80%)等。
3、土地准备
选择地势平坦，排灌方便，土壤肥沃的砂壤土为佳。精细整地，使土壤细碎平整，上虚下实。结合整地施足基肥，基肥以腐熟农家肥为主，复合肥和磷肥为辅，用量一般为每亩施农家肥1000-1500公斤、复合肥10-15公斤、过磷酸钙5公斤，施用方法主要有沟施、穴施等。
4、提高播种质量
不同基因型的玉米之间应严格隔离400米以上，错期播种应相差25天以上。适期播种可选在10厘米地温稳定在10℃以上播种，播后浇一次透水，覆土过厚不易出苗，覆土过簿、干湿不均，则出苗不匀。地下害虫发生较重的田块每亩用3%米乐尔颗粒剂5公斤混细沙撒于种子周围，然后覆土3-5厘米。至5叶期前要注意防止田鼠危害。
5、加强苗期管理
①移苗补缺：定苗前做好补苗工作，直播的在多余苗处带土移栽补缺，并连日浇水至成活。
②除草施肥：出苗前选用苗前除草剂土壤表面封闭除草处理，也可人工除草。苗期约3叶期应追施一次壮苗肥，促幼苗早发快长，每亩用腐熟粪尿500公斤、尿素20公斤、钾肥3-5公斤混和穴施。
③防治鼠虫危害：播后及时检查，若有鼠害选用灭鼠剂防治，发现蛴螬、蝼蛄、地老虎等地下害虫危害，可采用敌百虫、乐斯本等药剂拌幼嫩碎菜叶于傍晚撒施于危害点附近诱杀。
④疏苗定苗：3叶期对玉米苗密度较大的田块应及时进行间苗、疏苗；5叶期定苗，一般每穴留单苗。疏定苗的原则是“去弱苗、虫苗、杂苗，留强壮苗”。